C’est probablement au IXème siècle qu’une première église est édifiée sur cet antique lieu de peuplement gallo-romain ; l’église, tout comme les terres autour, fait alors partie des domaines du monastère bénédictin d’Anduze ; elles seront cédées à l’Abbaye d’Aniane (aujourd’hui dans l’Hérault).
Au XIIème siècle, alors que la paroisse de St Hilaire dépend maintenant de la riche Abbaye de Cendras, les Templiers, ordre militaire et religieux, édifient, sur cet emplacement, une église romane consacrée à Saint Hilaire, qui fut évêque de Poitiers lors de l’expansion du christianisme en Gaule.
Lorsque l’Ordre des Templiers est interdit par le roi Philippe le Bel en 1307, leurs biens sont confisqués et les chevaliers de Malte s’implantent à St Hilaire. On trouve, gravée dans la pierre sur la face est de l’église, leur emblème, la Croix de Malte devenue, aujourd’hui, celui de la commune.
Comme toutes les églises, la nef était orientée d’est en ouest, et le porche d’entrée était très probablement situé sur la façade ouest ; cette partie de l’église a disparu.
Tout autour de l’église, va exister pendant plusieurs siècles, un cimetière non délimité. Lorsque l’on a fait des travaux d’adduction d’eau en 1956, on a retrouvé dans ce secteur des ossements provenant du vieux cimetière.
Ce sera seulement en 1854 que le conseil municipal décidera la création d’un cimetière en dehors du village, accessible pour chaque culte. Mais comme il existe des dissensions entre catholiques et protestants, l’accès se fera par deux portes distinctes. Il faudra attendre le milieu du XXème siècle pour que s’apaise complètement la méfiance accumulée entre les deux communautés pendant 400 ans…